Ngày nay, khái niệm vốn gen có nội hàm (nội dung khái niệm) khá là khác nhau tùy theo ngữ cảnh đề cập.

• Trong di truyền học, một quần thể có vốn gen lớn chưa chắc đã có vốn gen đa dạng. Giả sử xét hai loài thực vật: loài A và loài B đều có vốn gen (tổng số alen) như nhau. Khi loài A chỉ tự thụ phấn, thì cứ qua n thế hệ, tần số cặp alen dị hợp sẽ giảm đi 1/2n, còn tần số cặp alen đồng hợp sẽ tăng lên tương ứng (quy luật Giô-han-xen); do đó tính đa dạng di truyền giảm. Còn khi loài B chỉ ngẫu phối, đời sau của nó sẽ có vốn gen đa dạng hơn nhiều, do phát sinh nhiều biến dị tổ hợp.
• Khi quần thể sinh vật bị "sự cố" nào đó, như bị cháy rừng, gặp hiện tượng cổ chai di truyền, thì vốn gen bị giảm sút, kéo theo đa dạng di ruyền trong quần thể giảm theo. Đầu thế kỉ XX, hải cẩu Bắc cực bị săn bắt quá nhiều, chỉ còn 1/10 so với ban đầu ước tính là 30000 cá thể. Sự "điều chỉnh" luật pháp ở những quốc gia liên quan đã giúp quần thể phục hồi và đến những năm cuối thế kỉ XX đã tăng lên khoảng 30000 (bằng ban đầu). Về mặt số học, tổng số gen vẫn thế, nhưng thực tế thì đa dạng di truyền giảm đi rất nhiều, nghĩa là vốn gen suy giảm.
• Trong chăn nuôi và trồng trọt, một số học giả (như Harlan và de Wet, năm 1971) đề xuất phân loại cây trồng theo vốn gen thay cách phân loại truyền thống.[7]
• Một số tác giả còn dùng khái niệm "vốn gen" với nội hàm như "ngân hàng gen".

                              ***

Tóm lại, vốn gen của quần thể phản ánh sự đa dạng di truyền của quần thể đó hơn là phản ánh số lượng alen mà quần thể đó có.